La navata della chiesa è punteggiata da tredici lastre sepolcrali, alcune delle quali di pregevole fattura.

Fra queste vi è quella posta in corrispondenza dell’altare della Madonna delle Grazie; l’incisione sulla lastra indicherebbe che quella cripta è il luogo di sepoltura di donne devote alla Vergine.

La lastra è incorniciata da un rivestimento lapideo che riporta in bassorilievo quattro teschi e l’incisione di altri memento mori.

Un’altra lastra sepolcrale, poco distante dall’ingresso, è invece incorniciata da una stella a otto punte.

La pavimentazione è prevalentemente costituita da formelle in cotto esagonali. Piastrelle in ceramica bicroma sono state rinvenute all’interno della cappella gotico-normanna e all’ingresso della cappella del SS. Crocifisso.