La nef de l’église est parsemée de treize dalles funéraires, dont certaines sont de belle facture.

Parmi celles-ci se trouve celle située au niveau de l’autel de la Madonna delle Grazie ; la gravure sur la dalle indique que cette crypte est le lieu de sépulture de femmes dévouées à la Vierge.

La dalle est encadrée par un revêtement de pierre qui comporte en bas-relief quatre crânes et d’autres gravures de memento mori.

Une autre dalle funéraire, située près de l’entrée, est encadrée par une étoile à huit pointes.

Le sol est principalement composé de carreaux hexagonaux en terre cuite. Des carreaux de céramique bichrome ont été trouvés à l’intérieur de la chapelle ‘gothique-normande’ et à l’entrée de la chapelle du Saint Crucifix.